分層碾磨制粉是根據近幾年研討的現代脫皮（分層）制粉技能，并結合黑小麥的結構特性和營養機理，而研討出先用脫皮機脫去表皮、外果皮、內果皮，再由磨粉機碾削種皮、珠心層、糊粉層（根據面粉要求）的加工技能。整個過程可概括為：“先去皮，后裸麥加工”的制粉技能。

由于黑小麥籽粒結構的特殊性、高硬度、種皮呈黑色（或淺黑色或紫色或藍色或淺黑色或淺藍色）、則其胚乳呈白色，運用傳統的制粉技能不只出粉率低，并且粉質粗糙，色澤欠安。

因而采用分層碾磨制粉技能，不只能夠提升出粉率，提升面粉質量，下降生產本錢，改進面粉的食用質量和烘焙質量，還能有用地分離黑小麥的黑色素層，改進黑麥粉的色澤，還可充分利用黑色素進行再加工，加工成食物添加劑和高纖維食物，而黑麥麩皮可用于雙歧因子蛋白飲料的生產。